フレックス制度（1か月単位と3か月単位）の併用について

ご回答申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。
1. 制度上の前提
フレックスタイム制は労基法第32条の3に基づき、労使協定（労基法第32条の3第2項）または就業規則で定める必要があります。
2019年4月の法改正で「清算期間の上限」は 1か月 → 3か月 に延長されました。
清算期間は「労使協定」で定めますが、部署や職種ごとに異なる清算期間を設けることも法的に可能とされています（厚労省通達あり）。

2. 併用は可能か
可能です。
ただし条件は以下の通りです。
部署ごとに別の労使協定を締結すること。
就業規則に「当社では部署により清算期間を1か月または3か月とする場合がある」といった規定を設けること。
実際にどの部署にどの清算期間を適用するかを明確に定めておくこと。

3. 手続きの流れ
対象部署の特定
　閑散期対応の必要性がある部署を明確化。
就業規則の改定
　「フレックスタイム制は部署に応じて1か月または3か月を上限とする清算期間を定める」と規定。
　（労基法第89条に基づき、労基署へ届出が必要）
労使協定の締結
　部署ごとに次を明記：
　- 清算期間（1か月／3か月）
　- 対象労働者の範囲（部署名など）
　- 清算期間における総労働時間
　- 標準となる1日の労働時間
　- フレキシブルタイム・コアタイム（設ける場合）
労基署への届出
　労使協定を「時間外・休日労働に関する協定届（36協定）」とは別に、フレックスタイム制に関する協定届として届出。

4. 実務上の留意点
混在管理の複雑さ
　1か月単位と3か月単位を併用すると労働時間管理が煩雑になります。給与計算・勤怠システムで対応可能か事前に確認が必要です。
残業の算定タイミング
　1か月単位部署では毎月、3か月単位部署では清算期間末で判定するため、会社内での扱いを明確化しないと混乱を招きます。
健康確保措置
　3か月単位にした場合は労働者の長時間労働リスクが高まるため、労基署も「適正管理」を重視します。

5. まとめ
特定部署のみ3か月単位のフレックスタイム制を導入することは可能。
必要手続きは
　（１）就業規則改定
　（２）部署ごとの労使協定締結
　（３）労基署への協定届提出
実務では「勤怠管理と残業算定をどう分けて処理するか」が大きな課題。
以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日：2025/09/18 10:45　ID：QA-0158417

相談者より

ご回答ありがとうございました。

投稿日：2025/09/18 13:07　ID：QA-0158432大変参考になった

お答えいたします

ご利用頂き有難うございます。

ご相談の件ですが、フレックスタイムに関しましては、会社単位のみならず部署単位でも導入が可能とされています。そして、部署毎に清算期間が異なる事も認められます。

手続きに関しましても、3か月単位のフレックス制に関わる措置についての就業規則への記載・労使協定の締結等、導入時と同様の手続きを踏まれる事で対応が可能です。

投稿日：2025/09/18 10:58　ID：QA-0158419

相談者より

ご回答ありがとうございました。

投稿日：2025/09/18 13:07　ID：QA-0158431参考になった

回答いたします

ご質問について、回答いたします。

特定の部署に限り、3か月単位のフレックスタイム制度を導入することも可能です。

必要な手続きとしては、「労使協定書の締結」・「就業規則の変更」
・「労働基準監督署への就業規則変更届、労使協定書の提出」
・「従業員への周知」をおこなってください。

投稿日：2025/09/18 11:40　ID：QA-0158427

相談者より

ご回答ありがとうございました。

投稿日：2025/09/18 13:07　ID：QA-0158433参考になった

可能です。

部署によって清算期間が１ヵ月、３ヵ月と異なっていても構いません。

対象者の範囲や清算期間を労使で話し合えばよろしいでしょう。

労使協定の締結、就業規則の変更・届出等、通常どおりの手続きを踏めばよろしいでしょう。

投稿日：2025/09/19 09:42　ID：QA-0158502

相談者より

ご回答ありがとうございました。

投稿日：2025/09/19 15:09　ID：QA-0158530参考になった