追加質問/12月給与がない従業員の令和7年年末調整

先日、「12月給与がない従業員の令和7年年末調整」との質問を投稿させていただきました。
その後の経過等で、追加質問をさせていただきたくお願いいたします。

在籍しているが給与等の支給がない場合、
「12月給与がない従業員の令和7年年末調整では、改正後の控除税額を適用しない」。
というソフトの処理は正しいのか、という質問を致しました。
アドバイス頂き、再度各所に問い合わせた結果です。

ソフト会社　…　「適用しない」
税務署　…　「適用する」
国税庁　…　「適用しない」
という返答でした。
理由は以下のとおり

・ソフト会社
　…　令和７年度税制改正（基礎控除の見直し等関係）Ｑ＆Ａ（令和７年５月）の1-12の解釈を「年末調整の日付に関わらず最後の給与支給日が12月1日以後かどうかで判断」
・税務署
　…　「給与支給日の日付に関わらず最後の年末調整の日付が12月1日以後かどうかで判断」
・国税庁
　…　「給与支給日が12月1日以後かどうかで判断」

Ｑ＆Ａ（令和７年５月）の1-12の解釈を
「年末調整は…その年の最後に給与の支払いをする際に行うこととされ」
「…11月30日以前に支払った場合の年末調整においては改正後の控除等は適用されません」
これを「年末調整をした日＝最後の給与支払日」と考えれば「適用しない」ですが
実際のところ「年末調整＝12月」「最後の給与支払日＝11月以前」なので
ソフト会社と税務署の意見が異なっているのではないかと思われます。


ちなみに
「所得税法等の一部を改正する法律案に対する修正案（自民・公明案）」には
「附則第三十七条の次に次の一条を加える。
　（令和七年分以後の各年分の基礎控除等の特例に関する経過措置）
第三十七条の二　新租税特別措置法第四十一条の十六の二第二項の規定により読み替えられた新所得税法第百九十条（第二号ヘに係る部分に限る。）の規定は、令和七年中に支払うべき給与等でその最後に支払をする日が同年十二月一日以後であるものについて適用し、同年中に支払うべき給与等でその最後に支払をする日が同年十二月一日前であるものについては、なお従前の例による。」
となっていました。
これによるならば、「適用しない」が正しいのかもしれないと思います。
しかしこれも、法第190条の
「その年中に…支払うべきことが確定した給与等」で年末調整をするという原則があってのことのようにも思えます。

こちらに関して、
処理としては、「確定申告へ」と促すより、改正後控除税額を適用した方が従業員への説明が分かりやすいのですが

国税庁の指示と税務署の指示、どちらに従うべきかわからなくなっております。

投稿日：2025/10/06 15:03　ID：QA-0159204