通勤手当の非課税限度額の引き上げについて

ご回答申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。
なお、ご質問にたいして、「2025年11月20日施行の通勤手当の非課税限度額引上げ」を前提にご回答申し上げます。

１．非課税限度額引上げにより、通勤手当を変更する必要はあるか
結論から申し上げると、必ずしも変更する必要はありません。
今回の改正は、所得税法上の「非課税で扱える上限額」が引き上げられたというものであり、企業に対して「通勤手当の支給額を引き上げる義務」を課すものではありません。
したがって、
就業規則・賃金規程で定めた通勤手当額
労働契約で合意している通勤手当額
については、従前どおりの金額を維持しても法令違反にはなりません。

２．現状の支給額（上限13,000円）のままで良いか
はい、問題ありません。
通勤手当は法律上の必須支給項目ではなく、
支給するかどうか
支給額・上限
はいずれも会社の裁量（就業規則・労働契約）で決める事項です。
そのため、
非課税限度額が引き上げられても
就業規則で「上限13,000円」と定めている以上
上限を引き上げなければならない義務はありません。
ただし、実務上は
実費に対して大きく不足している
他社比較で不利益感が強い
といった場合には、人材確保・定着の観点から見直しを検討する余地がある、という整理になります。

３．2025年の年末調整で差額清算は必要か
通勤手当の支給額自体を変更しない場合、差額清算は不要です。
今回の改正は「非課税枠の拡大」であり、
過去に支給した通勤手当のうち
既に非課税で処理されている金額
について、遡って非課税枠を再計算する（還付する）仕組みではありません。
したがって、
11月・12月分の通勤手当を変更しない
年間を通じて支給額も同じ
という場合、4月～12月分の差額清算は行いません。
なお、仮に11月施行後に
通勤手当の支給額を増額した場合
には、増額後の支給分のみを新しい非課税限度額で判定します。

４．まとめ（実務対応の要点）
（１）非課税限度額の引上げ＝支給額変更義務ではない
（２）就業規則上限13,000円のままで問題なし
（３）支給額を変更しなければ年末調整での差額清算不要
今回の改正は、「会社の選択肢が広がった」改正であり、
必ず対応が必要な改正ではない点が重要です。
以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日：2025/12/22 14:59　ID：QA-0162331

相談者より

大変参考になりました。
ありがとうございました。

投稿日：2025/12/22 15:08　ID：QA-0162332大変参考になった

日本の人事部Q&Aをご利用くださりありがとうございます。早速3つのご質問について順を追って回答させて頂きます。

(1)の回答＝変更する義務はありません。
今般の通勤手当の非課税限度額の改訂は、今年8月の人事院勧告による国家公務員の通勤手当引き上げに合わせたものです。国家公務員の給与手当は事業年度(4月～3月)単位で適用されるルールなので、4月に遡及して改訂することになったのですが、それと合わせて通勤手当の非課税限度額を民間も含めて4月から適用することとしたのです。したがって貴社の通勤手当が国家公務員の通勤手当に準じて支給するといったルールになっていない限り、通勤手当の額そのものを増額する義務はありません。

(2)の回答＝現状のままで構いません。
例えばもし貴社が非課税限度額を超える通勤手当を支給していた場合、やはり貴社においても4月に遡及して非課税限度額の差異を清算することになります。しかし貴社が遡及するのはあくまでも課税関係の処理であり、増額された非課税額が4月に遡及して適用されることになったからといって、4月から通勤手当の額も増額しなければならないという話にはなりませんのでご安心ください。

(3)の回答＝新旧非課税額の差額を年末調整で清算します。
4月～11月（10月迄？）に支給された通勤手当に含まれる新旧非課税額の差異を、本年度の年末調整で清算します。ただし25日支給の場合、恐らく23日夜あたりが給与資金の送金リミットと思われますが、作業的に間に合いますでしょうか？もし間に合わねば旧非課税額でいったん年末調整して12月の給与を支給し、来年1月に通勤手当の非課税額部分について再年調する方法もあります。

以上雑駁な回答となりましたが、ご質問の文面からは貴社の詳細な事情が判断できませんので、貴社の就業規則（賃金規定）の通勤手当に関する条項をいったんご確認ください。また再年調処理については所轄の税務署あるいは顧問税理士に相談してみるとよろしいかと存じます。どうぞ宜しくお願い申し上げます。

投稿日：2025/12/22 15:30　ID：QA-0162333

相談者より

ご回答ありがとうございました。
現在13,000円の通勤手当を支給されている者がおります。改正前12,900円ですので、年末調整では差額100円×（4月～10月）7ヶ月＝700円の清算で良いのでしょうか。
11月、12月分の給与に関しましては、通勤手当が従来通りとなりますが、改定後の限度額を超えていませんので、清算はなしと言う事で良いのでしょうか。

投稿日：2025/12/22 16:18　ID：QA-0162342大変参考になった

回答いたします

ご質問について、回答いたします。

（１）
支給額そのものを変更する法的義務はありません。
今回の改正は非課税枠の拡大であり、会社の給与規定で非課税限度額を上限に
支給すると定めていない限り、現在の支給額を維持しても問題ありません。

（２）
現状のまま（上限13,000円）で差し支えありません。
就業規則に基づいた支給であれば法的に有効です。
ただし、改正後の限度額を下回る場合、これまで課税されていた分が
非課税扱いになる可能性があります。

（３）
ご認識の通りです。支給額を変えない場合も清算は必要です。
改正は4月分に遡って適用されるため、4月〜12月分の中で旧限度額を超えて
課税されていた分があれば、その差額を非課税分として年末調整で正しく精算を
行う必要があります。

投稿日：2025/12/22 16:09　ID：QA-0162339

相談者より

ご回答ありがとうございました。
現在13,000円の通勤手当を支給されている者がおります。改正前12,900円ですので、年末調整では差額100円×（4月～12月）9ヶ月＝900円の清算と言う事になるのでしょうか。
11月、12月分の給与に関しましては、通勤手当が従来通り13,000円となりますが改定後の限度額を超えていませんので、清算なしになるのでしょうか。

投稿日：2025/12/22 16:23　ID：QA-0162345大変参考になった

ご質問の件

１．必ずしも変更する必要はありません。

２．上限金額を規定しているのであれば、現状のままでも問題ありません。

３．課税通勤手当を支給している従業員がいるのであれば、そのようになります。

投稿日：2025/12/22 16:23　ID：QA-0162344

相談者より

ご回答ありがとうございました。

投稿日：2025/12/23 09:11　ID：QA-0162372大変参考になった

回答いたします（追加質問分）

追加ご質問について、回答させていただきます。

｜～現在13,000円の通勤手当を支給されている者がおります。
｜改正前12,900円ですので、年末調整では差額100円×（4月～12月）9ヶ月＝900円
｜の清算と言う事になるのでしょうか。
上記の場合、900円が課税対象額として除かれ、900円分について所得税が還付
となります。単純に900円が還付ではございませんので、ご留意ください。
なお、給与システムをご利用の場合は計算方法に不明点等がございましたら、
システムベンダー会社へお問合せいただくのが最も早い解決方法かと存じます。


｜11月、12月分の給与に関しましては、通勤手当が従来通り13,000円となります
｜が改定後の限度額を超えていませんので、清算なしになるのでしょうか。
上記、すでに改定後の非課税限度額を適用して給与計算を行っていれば、遡り
精算は生じません。

投稿日：2025/12/22 16:58　ID：QA-0162350

相談者より

ご回答ありがとうございました。
11月・12月給与分の通勤手当も従来通りで変更ありませんので、4月～12月分の差額900円を年末調整にて清算したいと思います。

ありがとうございました。

投稿日：2025/12/23 09:15　ID：QA-0162373大変参考になった

対応

1．上限に関係無交通費は交通費は変更も必要ありません。
2．雇用主判断ではなく、交通費の上限に抵触する場合は変更が必要です。
3．上記の変更が生じた場合は、年末調整になるはずです。

投稿日：2025/12/22 16:59　ID：QA-0162351

相談者より

ご回答ありがとうございました。

投稿日：2025/12/23 09:16　ID：QA-0162374大変参考になった

スモモ　様

日本の人事部Q&Aをご利用下さりありがとうございます。再質問について次の前提にて解説いたします。
・13,000円の通勤手当を支給されている方の通勤距離が15km以上25km未満
（旧限度額12,900円、新限度額13,500円）
・11月支給の給与から新限度額を適用

Q1;新旧非課税限度額の差額精算の方法
4～10月の新旧非課税限度額の差異100円×7ヶ月＝700円について精算します。ただし700円をそのまま本人に還付するのではなく、年末調整の際に令和7年度の給与総額から700円を控除した上で年調年税額を計算します。

つまり給与総額に700円を含めた場合の年税額と控除した場合の年税額との差が、本人に還付される額ということになります。

参考；年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例（国税庁）
https://www.nta.go.jp/users/gensen/2025tsukin/pdf/02.pdf

Q2;11月～12月の通勤手当の取り扱い
11月以降は新しい非課税限度額で通勤手当を支給しているため、特段の処理は不要です（旧非課税限度額で支給した4～10月分については、新非課税限度額を適用しなおした上で年末調整してくださいという趣旨です）。

以上、取り急ぎご回答申し上げます。

投稿日：2025/12/22 17:09　ID：QA-0162353

相談者より

ご回答ありがとうございました。
とても参考になりました。

投稿日：2025/12/23 09:19　ID：QA-0162375大変参考になった

お答えいたします

ご利用頂き有難うございます。

ご相談の件ですが、１、２につきましては、通勤手当の支給と非課税限度額の法改正とは直接の関係はございませんので、原則として変更される義務までは生じません。但し、御社就業規則上で非課税限度上限まで手当を支給される旨の定めがございましたら、当然ながら本改正で引上げ部分の支給が必要となる従業員に対しては変更が求められます。

３につきましては、ご認識の通りになるものと思われますが、念の為専門家である税理士にご確認される事をお勧めいたします。

投稿日：2025/12/22 19:19　ID：QA-0162361

相談者より

ご回答ありがとうございました。

投稿日：2025/12/23 09:20　ID：QA-0162376大変参考になった