給与の過払い精算について

いつもお世話になっております。
契約社員の契約変更（減額）に伴う給与額変更対応が漏れてしまい、過払いが発生してしまいました。
金額がそこそこ大きく、ご本人様からは次の賞与での一括精算のご希望を受けています。
今後、以下のような処理になるため、最終的には本来（正しい処理をした場合）の支払額や負担額（税金）と同額になる（ご本人様の余計な追加負担は発生しない）と考えているのですが、考え漏れや認識の誤り等はありますでしょうか。
１．社会保険は、本来の契約変更月での月額変更手続きを行う。
２．所得税は、今年度内で精算が完了すれば、最終的には年末調整で正しく年税額の精算することになる。

もし「賞与ではなく、給与で精算すべき（給与で精算しないと本人負担が本来よりも大きくなるものがある）」や「この分は、上記手続きをとっても本来よりもご本人の負担が多くなってしまう」など懸念点、ご本人様への説明ポイント等がありましたらアドバイスをいただきたくよろしくお願いいたします。

投稿日：2025/09/09 20:49　ID：QA-0158002