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追加質問/12月給与がない従業員の令和7年年末調整

先日、「12月給与がない従業員の令和7年年末調整」との質問を投稿させていただきました。
その後の経過等で、追加質問をさせていただきたくお願いいたします。

在籍しているが給与等の支給がない場合、
「12月給与がない従業員の令和7年年末調整では、改正後の控除税額を適用しない」。
というソフトの処理は正しいのか、という質問を致しました。
アドバイス頂き、再度各所に問い合わせた結果です。

ソフト会社　…　「適用しない」
税務署　…　「適用する」
国税庁　…　「適用しない」
という返答でした。
理由は以下のとおり

・ソフト会社
　…　令和７年度税制改正（基礎控除の見直し等関係）Ｑ＆Ａ（令和７年５月）の1-12の解釈を「年末調整の日付に関わらず最後の給与支給日が12月1日以後かどうかで判断」
・税務署
　…　「給与支給日の日付に関わらず最後の年末調整の日付が12月1日以後かどうかで判断」
・国税庁
　…　「給与支給日が12月1日以後かどうかで判断」

Ｑ＆Ａ（令和７年５月）の1-12の解釈を
「年末調整は…その年の最後に給与の支払いをする際に行うこととされ」
「…11月30日以前に支払った場合の年末調整においては改正後の控除等は適用されません」
これを「年末調整をした日＝最後の給与支払日」と考えれば「適用しない」ですが
実際のところ「年末調整＝12月」「最後の給与支払日＝11月以前」なので
ソフト会社と税務署の意見が異なっているのではないかと思われます。

ちなみに
「所得税法等の一部を改正する法律案に対する修正案（自民・公明案）」には
「附則第三十七条の次に次の一条を加える。
　（令和七年分以後の各年分の基礎控除等の特例に関する経過措置）
第三十七条の二　新租税特別措置法第四十一条の十六の二第二項の規定により読み替えられた新所得税法第百九十条（第二号ヘに係る部分に限る。）の規定は、令和七年中に支払うべき給与等でその最後に支払をする日が同年十二月一日以後であるものについて適用し、同年中に支払うべき給与等でその最後に支払をする日が同年十二月一日前であるものについては、なお従前の例による。」
となっていました。
これによるならば、「適用しない」が正しいのかもしれないと思います。
しかしこれも、法第190条の
「その年中に…支払うべきことが確定した給与等」で年末調整をするという原則があってのことのようにも思えます。

こちらに関して、
処理としては、「確定申告へ」と促すより、改正後控除税額を適用した方が従業員への説明が分かりやすいのですが

国税庁の指示と税務署の指示、どちらに従うべきかわからなくなっております。

投稿日：2025/10/06 15:03　ID：QA-0159204

報酬・賃金

こいしかわさん: 長野県／その他業種（企業規模 51～100人）

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プロフェッショナル・人事会員からの回答

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プロフェッショナルからの回答

井上　久: 井上久社会保険労務士・行政書士事務所　代表

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ご回答申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。ご質問の件、結論から申し上げると、令和7年分の年末調整において、12月給与の支給がない（最後の給与支給日が11月30日以前）従業員には…

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投稿日：2025/10/06 15:54　ID：QA-0159219

相談者より

ご回答いただきありがとうございます。
やはり根拠となる法令・附則の規程通りということになるのですね。
この点は税務署も混乱をしているようで、再度問い合わせてみようかと思います。
一方で、ソフトの動きが
「12月1日以降に給与収入があるかどうかの判定は従業員本人のみ」であり、扶養親族は12月に給与があるかないかは関係なく改正後の控除税額で計算するとなっていました。
これについては関連する根拠が見つからず、
ソフト会社にも明確に根拠を示して頂けませんでした。
被扶養者が自身で申告する所得と、扶養する人が申告する被扶養者の所得が異なることは問題ないのでしょうか。

投稿日：2025/10/08 15:46　ID：QA-0159332大変参考になった

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プロフェッショナルからの回答

米倉　徹雄: KIZASHIリスキリング社会保険労務士法人　代表社員

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回答いたします

ご質問について、回答いたします。何かしら違法行為があった際に、取り締まりを直接的に行うのは、貴社所轄の税務署となり…

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投稿日：2025/10/06 16:12　ID：QA-0159225

相談者より

具体的なアドバイスを頂きありがとうございます。
これらの点は税務署も混乱しているようで、同じ質問がいくつか寄せられているようです。
ソフト会社は、これらの場合の具体的Q&Aを国税庁のページに記載するよう求めているそうです。

他にも疑問がありまして、ソフト会社の仕様では、12月の給与がない扶養親族の所得は改正後の控除税額で計算することになっており、
扶養親族が自身で年末調整で申告した所得と、
扶養する人が申告する扶養親族の所得が異なることになるのも気がかりです。

投稿日：2025/10/08 15:51　ID：QA-0159335大変参考になった

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プロフェッショナルからの回答

井上　久: 井上久社会保険労務士・行政書士事務所　代表

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追加のご質問にご回答申し上げます。

追加のご質問をいただきまして、ありがとうございます。次の通り、ご回答申し上げます。考え方や規定等につきましては、ご説明申し上げました通りです。追加のご質問「被扶養者が自身で…

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投稿日：2025/10/08 16:23　ID：QA-0159340

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