フレックス勤務者の代休取得時の賃金控除について

お答えいたします

ご利用頂き有難うございます。

ご相談の件ですが、あくまでシステム上の問題ですので、当然ながら二重控除をされる措置は認められません。

そして、労働時間に関しましては事実を記録する必要がございますので、実労働時間に休日勤務された時間を加えて正しい実労働時間が分かるようにされる事が不可欠です。システムの中で対応が出来ない場合は、手作業で記される等別途の対応が求められます。

手間もかかりますし、これを機会にシステムの技術上の改善を担当技術者等にご相談される事をお勧めいたします。

投稿日：2025/05/15 11:08　ID：QA-0152340

代休取得による賃金控除が「休日出勤時に135%支給済」にも関わらず、さらに欠勤控除されているのであれば、実労働時間に代休分の標準労働時間を加算するか、賃金控除（100%）を行わない対応が適切です。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。

１．ご質問の整理
フレックスタイム制：2か月単位
所定労働時間：304時間
実労働時間：309.21時間（代休・法定休日出勤時間は含まず）
法定休日出勤：8時間04分（＝割増支給済）
代休取得：1日（労働時間としては加算されていない）
現在のシステム仕様
（１）休日出勤に135%支給し、代休取得月に100%控除
（２） 代休取得日は労働時間に含めない

２．その結果
実労働時間が代休取得で減少（労働時間未達により賃金控除対象）
さらに代休に対する「100%の賃金控除」も発生（2重控除）

３．正しい考え方（結論）
代休取得による欠勤控除は行わないのが原則です。
代休とは「代わりに休ませる制度」であり、元々休日出勤をした分を補填する目的です。したがって、
既に法定休日出勤時に135%で支給しているのであれば、
代休取得により、その日を労働時間に加算しない（＝欠勤扱い）として賃金をさらに100%控除することは二重控除に該当します。

４．対応方法（実務的な処理）
以下のいずれかで調整を行うのが適切です。
（１）方法1→実労働時間に標準労働時間を加算
代休取得日について、実際の労働はしていなくても、代休日として「標準労働時間（例：8時間）」を労働時間に加算する。
こうすることで、清算期間の労働時間不足を防ぎ、不必要な欠勤控除も防止できます。

（２）方法2→代休取得日における賃金控除（100%）は行わない
代休取得日は欠勤扱いせず、賃金控除をしない。
フレックス勤務者であっても「代休日は勤務したものとして扱う」考え方を適用する。
※ こちらの方法の方がシステムへの影響が少ない場合もあります。

５．注意点（割増分との整理）
休日出勤時に135%支給し、代休取得で100%控除する方式は、「代休を取得しない場合に135%満額支給」と「代休取得時に100%控除し、結果として35%の割増分だけ支給する」という計算ロジックです。
この方式を採用する場合は、代休日を労働時間に加算しない処理（2）との組合せは不適切です。結果として労働時間不足による欠勤控除が発生する可能性があります。

６．結論
代休取得による賃金控除が「休日出勤時に135%支給済」にも関わらず、さらに欠勤控除されているのであれば、実労働時間に代休分の標準労働時間を加算するか、賃金控除（100%）を行わない対応が適切です。

以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日：2025/05/15 12:52　ID：QA-0152349

回答いたします

ご質問について、回答させていただきます。

まず、現在の勤怠システムの設定については、不備があるようです。
勤怠システム毎にシステム仕様は異なりますので、
勤怠システムのベンダー会社へご相談の上、改修ください。

その上で、欠勤控除が２重でされることはありません。
今回はシステム対応は間に合いませんので、手動修正となります。

なお、控除が２重になっていた場合は...ですが、
フレックスタイム制とのことですので、総労働時間を超えていた場合は、
代休取得における控除をしないという対応となります。

投稿日：2025/05/15 12:55　ID：QA-0152350

相談者より

早速のご回答ありがとうございます。
勤怠システムのベンダーに設定修正が可能か確認してみます。
ありがとうございました。

投稿日：2025/05/15 15:22　ID：QA-0152387大変参考になった

勤怠管理

勤務実態把握は勤怠管理の基本なので、会社として必ず実態把握をする必要があります。
現システムが機能していないのであれば、とりあえずは臨時でも手入力などで対応するなど、システムを現状に合わせるしかないでしょう。
緊急対応の次は、システムの見直しが必要となります。

投稿日：2025/05/15 13:51　ID：QA-0152368

相談者より

ご回答ありがとうございました。
勤怠システムのベンダーに修正可能か確認してみます。
ありがとうございました。

投稿日：2025/05/15 15:24　ID：QA-0152388大変参考になった

ご質問の件

フレックスについて、
まず、法定休日労働については、別扱いとなります。
法定外労働であれば、実労働として総労働時間にカウントします。

また、フレックスは、2ヵ月のフレックスということですので、
2ヵ月間で清算しますので、
欠勤控除という概念はありませんので、欠勤控除はしません。

代休日はその時間をカウントしないだけです。

投稿日：2025/05/15 14:42　ID：QA-0152376