未払い通勤費の遡及について

いつもお世話になっており、大変参考にさせて頂いております。
今回、通勤費の未払いが発覚致しました。
従業員御本人の方（障害者雇用の方）が申請書を記入し、その通りに支給しておりましたが
一部の交通機関が丸々抜けており、月額5,000円程度が4年間未払いとなっておりました。
賃金請求権の消滅時効も存じておりますが、会社と相談した結果、全ての期間を遡り支給することと致しました。
1ヶ月の通勤費は非課税ですが、未払い分を遡り一括で支給すると課税されてしまうという認識でよろしいでしょうか。
未払い分を非課税の限度額に合わせ何ヶ月かに亘り、分割で支給すれば非課税で支給することが可能という認識で宜しかったでしょうか。
初歩的な質問で申し訳ございませんがご回答願います。

投稿日：2022/09/15 17:50　ID：QA-0119122