源泉徴収票についての疑問

こんばんは、源泉徴収票についての疑問が２点ほどあります。
私自身は給与計算の雑用的な処理しか行っておらず、上司の行った処理を見て日々勉強しているのですが、その処理に疑問を感じています。ただ、直接上司には聞きづらい環境にありますので、教えてください。

＜質問１＞
源泉徴収票の支払金額の欄ですが当社の場合、通勤費の全額を含めた金額が記載されています。
給与明細は基本給と通勤費は別々に記載されています。ただ、通勤費の欄１ヶ所しかなく、課税通勤費と非課税通勤費の区別がないフォーマットでの記載になっています。
例えば、当社の場合６．６ｋｍの場合は５，０００円支給されるのですが、本来であれば、４，２００円が非課税通勤費で、８００円が課税通勤費となり、源泉徴収票の支払金額の欄には４，２００円×１２ヶ月分は含まれないという処理になるのではないかと思うのですが、当社の場合は５，０００円×１２ヶ月分すべてが含まれて記載されています。
上記の処理は違法でしょうか？

当社の通勤費の規定は
５ｋｍ未満　３，０００円
５~１０ｋｍ未満　５，０００円
１０~１５ｋｍ未満　８，０００円
１５ｋｍ以上　１０，０００円
となっております。

＜質問２＞
当社の従業員の奥様が、別の会社（Ａ社）を今年９月で退職されました（その後も無収入です）。奥様は（Ａ社）で平成２７年は１６９万円の収入があるため、所得税の扶養にはならないと思われますが、当社の従業員の源泉徴収票の「控除対象配偶者の有無」が「有」になっており、「所得控除の額の合計額」は配偶者控除３８万円、基礎控除３８万円、社会保険料等の金額３４９，１１６円の合計で１，１０９，１１６円となっております。
上記の配偶者控除３８万円はやはり誤りでしょうか？

私が上記の事について調べていた際にひとつ引っかかった点は
「控除対象配偶者や扶養親族の変動における控除の対象は、基本的にその年の１２月３１日を基準とすることになっている」とう一文があったのですが、これは何を意味するのでしょうか？結局１２月３１日を基準としたところで年収が１０３万円を超えていたら控除対象配偶者にならないのならば、どの日を基準にするとかは関係ないような気がしますが基準日に何か意味があるのでしょうか？

すみませんが、教えてください。よろしくお願いします。

投稿日：2015/12/30 18:27　ID：QA-0064697