固定残業代制度にともなう欠勤控除の対応について

お世話になります。
固定残業代を弊社では採用しております。（45時間分を固定で支払）
欠勤が生じた場合の日割り計算ですが、固定残業代を含めた形で
日額を算出して控除すべきか、それとも基本給（固定残業分を含めない金額）から日額を算出して控除するべきか、どちらで対応すべきか悩みます。
就業規則上では、以下の通り記載があります。

＜欠勤/無断欠勤の取り扱い＞
給与の計算期間中において、欠勤または無断欠勤した者は、その１ヶ月分の支給総額より、欠勤または無断欠勤した日数分に対する日割相当額を控除して支給する。特別手当についても同様とする。

＜休暇・休業中の取り扱い＞
第15条 規則第 37 条（年次有給休暇)、第 38 条（年次有給休暇の計画付与）、および第 39条（特別休暇）についてはこれを出勤したものとして取り扱い、通常賃金を支給する。
2 規則第 40 条（子の看護休暇、介護休暇、育児休業および介護休業等）、第 41 条（産前・産後休暇等）、第 42 条（生理休暇）、第 43 条（母性健康管理のための休暇等）、第 44 条（育児時間）、第 45 条（裁判員休暇）および第 46 条（公民権行使の時間）については無給とする。
3 計算期間の一部に無給の休暇・休業等がある場合は、当該休暇・休業等の日数分に対する日割相当額を控除して支給する。通勤手当および特別手当についても同様とする。

この記載内容をふまえますと通常の欠勤では固定残業代含めた時間単価から日額を算出して控除、休職の場合は、基本給から時間単価を算出して、休職した日数分を控除すると読み取れるのですが、固定残業代分も含めた形で控除しても問題ないのでしょうか・・？

投稿日：2021/08/19 18:47　ID：QA-0106602