初めて相談致します。

当社の通勤費は「月額は、非課税限度内で定期券の実費を支給する」としております。
（マイカ―通勤者も同じく）

先日、昨年4月に入社した社員に「実はバスの乗継を省いて申請していた」と申告されたので
とりあえず正しい経路と交通費を申請するようには言った所
更に昨年４月からの差額分は支給してもらえないのかと聞かれました。

これまで支給側のミスの際や運賃値上げ分の差額等は支給したことはありますが、
実際は本人の申請通りに支給していた場合、支払義務は発生するのでしょうか？

以前交通費の遡り支給の期限は2年と聞いたのですが、その対象となるのでしょうか？

以上ご返答の程宜しくお願い致します。