変形労働時間制の有給休暇について

ご回答申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。
１．年次有給休暇の法的根拠と本質
労働基準法第39条第1項・第5項は次のように定めています。
使用者は、一定の要件を満たした労働者に対して、所定労働日についての有給休暇を与えなければならない。
有給休暇を取得した場合、その期間については、通常の賃金を支払う義務がある。
つまり、有給休暇とは「労働義務を免除しつつ、賃金を保障する」制度であり、
単に休ませるだけ（＝無給休暇・希望休扱い）では労基法上の有給休暇とはみなされません。

２．変形労働時間制における有給休暇の考え方
変形労働時間制（1か月・1年単位いずれも）を採用していても、
年次有給休暇の取り扱いは通常の勤務日と同様に扱う必要があります。
具体的には：
有給を取得した日は、その日の所定労働時間分（たとえば8時間予定なら8時間）を労働したものとみなして賃金を支払う必要があります。
「みなし労働時間制」や「変形労働時間制」であっても、
その日が所定労働日である以上、有給休暇を無給扱いにすることは違法です。

３．貴社の現状（店舗社員）における問題点
「店舗社員は有給休暇を取得してもみなし時間に加算されず、無給扱い」
「有給休暇使用＝希望休として公休扱い」
この運用は次の理由から、労働基準法第39条違反となる可能性が高いです。
違法となる理由
「希望休」や「公休扱い」として休ませているだけでは、法定の有給休暇を与えたことになりません。
賃金を支払っていない（＝無給）ため、「有給」ではなく「欠勤」扱いと評価されます。
行政監督上も、「労働者が年休申請しているにもかかわらず無給処理」は年休の未付与（違法）とされます。
※ 厚生労働省通達：基発第150号（昭和63年3月14日）
「年次有給休暇の賃金は、平均賃金、所定労働時間労働した場合の通常賃金、又は健康保険法による標準報酬日額によって支払うことが必要である」

４．本部社員との取扱い格差について
本部社員は「有給＝8時間みなし」
店舗社員は「有給＝希望休（無給）」
この格差は、
同一企業内で有給休暇の法的趣旨が守られていない部門がある
「店舗社員にのみ不利益取扱い」が存在するため、
　労働基準法違反のみならず、パートタイム・有期雇用労働法第9条（均衡待遇）違反の可能性もあります。

５．実務上の対応策（是正案）
（1）有給休暇を「賃金支払い対象」として正式に取り扱う
有給取得日には、変形労働時間制におけるその日の所定労働時間分を労働したものとして賃金支給
シフト表などで「有給休暇（○時間分）」と明示し、労働時間集計から除外しつつ、賃金計算上は通常賃金を支払う
（2）「希望休」と「有給休暇」を明確に区分
「希望休（無給）」と「年休（有給）」を別管理に変更
申請書・勤怠システムで選択区分を設ける
（3）制度改定まではリスクを認識した暫定対応を
「現行は制度改定中であり、過去分については法的リスクを踏まえて清算・補填を検討中」として
　行政指導を受ける前に是正の意思を示すことが望ましいです。

６．結論
項目内容現行運用店舗社員の有給が無給扱い（希望休扱い）法的評価労働基準法第39条違反（年休の賃金保障義務違反）行政上の指摘可能性高い（年休付与義務違反・賃金不払い）対応方向有給＝その日の所定労働時間分を賃金支給に変更

７．補足：監督署対応の実例
実際、同様のケースでは次のような是正指導が行われています。
「変形労働時間制を採用しているとしても、有給休暇取得日に無給処理するのは違法。
有給取得日は所定労働日として通常賃金を支払うよう是正せよ。」
（大阪労働局監督事例・令和3年度）
以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日：2025/11/07 12:33　ID：QA-0160325

回答いたします

ご質問について、回答いたします。

店舗社員について有給休暇取得日を、無給休暇扱いになさっていることは、
大きく法令に抵触しております。

今までの対応に対する、影響範囲が深い為、是正の際は、社労士等、労務の
専門家に、しっかりとご相談されることをお勧めいたします。

投稿日：2025/11/07 13:22　ID：QA-0160328

コンプライアンス

店舗社員は「実態はみなし時間として加算されず無給休暇扱いとなって」いるのは違法です。直ちに改善が必要です。
非常に危険なコンプライアンス違反ですので、至急ご対応下さい。

投稿日：2025/11/07 18:09　ID：QA-0160364

お答えいたします

ご利用頂き有難うございます。

ご相談の件ですが、変形労働時間制であっても、年次有給休暇は通常通り有給扱いで付与されなければなりません。

従いまして、実態として無給扱いとされるという措置については明らかに違法行為になりますので、直ちにそうした運用を改める事で対応する必要がございます。

投稿日：2025/11/07 19:18　ID：QA-0160371

罰則付き

　以下、回答いたします。

　労働基準法では「有給休暇取得に係る支給」について以下のように定められています。また、合わせて、不支給に対する罰則が定められています。

第三十九条第九項
　使用者は、第一項から第三項までの規定による有給休暇の期間又は第四項の規定による有給休暇の時間については、就業規則その他これに準ずるもので定めるところにより、それぞれ、平均賃金若しくは所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金又はこれらの額を基準として厚生労働省令で定めるところにより算定した額の賃金を支払わなければならない。（以下、略）

第百十九条
　次の各号のいずれかに該当する者は、六月以下の拘禁刑又は三十万円以下の罰金に処する。
一　第三条、（略）、第三十九条（第七項を除く。）、（略）、の規定に違反した者

投稿日：2025/11/07 20:53　ID：QA-0160381

違法です。

そもそもですが、通常の労働時間制を採用する限り、有給休暇にみなし時間という発想はありません。

店舗社員であっても、有給休暇取得日については、①所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金、あるいは、②平均賃金、で必ず支払わなければならず、どちらで支払うかは就業規則に定めたうえで運用する必要があります。

無給休暇扱いとするのは法違反でしかなく、万が一、店舗社員が労基署に駆け込めば、調査が入り、過去に遡っての未払い分の支払いをするようにとの是正指導を受けること必然です。

店舗社員から、今まで何の疑問もでなかったのでしょうか。

投稿日：2025/11/08 09:22　ID：QA-0160394