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給与遡及支払時の所得税について

給与計算のミスにより、短時間パート労働者の今年7月～8月の給与に不足が発生していたことが判明しました。
9月の給与で遡及支払をすることに決定しましたが、その場合、9月給与の所得税額が、7～9月給与が正しく支給されていた場合の所得税額の合計より数百円多くなります。
この場合、所得税の差額に当たる分は年末調整で還付されるのでしょうか。

投稿日：2025/08/25 15:10　ID：QA-0157120

報酬・賃金

*****さん: 神奈川県／電機（企業規模 51～100人）

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プロフェッショナル・人事会員からの回答

全回答3件

プロフェッショナルからの回答

井上　久: 井上久社会保険労務士・行政書士事務所　代表

詳細

ご回答申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
結論といたしましては、ご認識のとおり年末調整で還付されます。
仕組みを整理させていただきます。

1. 源泉徴収は「その月の支給額ベース」
給与からの所得税源泉徴収は、各月の支給額に応じて国税庁の「給与所得の源泉徴収税額表」で計算することになっています。
今回のように7～8月分の不足を9月給与でまとめて支払うと、9月分の給与額が本来より大きくなるため、その月だけ源泉税が多めに引かれることになります。

2. 年末調整の仕組み
年末調整では、
1月～12月に支払った給与の合計額
各種控除（扶養控除・社会保険料控除など）
をもとに、その人の年間の正しい所得税額を計算し、
そこから「毎月源泉徴収した税額の合計」を差し引きます。
もし源泉徴収額の方が多ければ、その差額は年末調整で還付されます。

3. 今回のケース
7月・8月に正しく支給していれば源泉徴収税額はもう少し少なかった
9月にまとめて支払ったことで、9月の源泉徴収税額は結果的に過大になっている
年末調整で1～12月分の総支給額に基づいて再計算されるため、数百円程度の差額は還付される。

4. 実務上の留意点
9月の給与計算では、遡及分を含めた金額でそのまま源泉徴収する（調整は不要）
年末調整で還付されるので、従業員へは「今月の税額は多めに控除されますが、年末に調整されて戻ります」と説明しておくのが親切です。

５．まとめ
今回のように遡及支給をまとめて行うと、その月の源泉所得税は一時的に多くなりますが、年末調整で年間ベースで再計算されるため、差額は還付されます。

以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日：2025/08/25 16:05　ID：QA-0157127

相談者より

分かりやすくご説明頂き、ありがとうございます。

投稿日：2025/08/26 08:01　ID：QA-0157190大変参考になった

回答が参考になった 0件

プロフェッショナルからの回答

米倉　徹雄: KIZASHIリスキリング社会保険労務士法人　代表社員

詳細

回答いたします

ご質問について、回答いたします。

｜この場合、所得税の差額に当たる分は年末調整で還付されるのでしょうか。
↓　↓　↓
はい、年末調整にて所得税が精算されます。

毎月の給与支給時の源泉徴収は、その月の給与額に応じた見込税額を徴収
しているにすぎません。年末調整で年間の正しい税額に修正されます。

投稿日：2025/08/25 16:28　ID：QA-0157138

相談者より

分かりやすくご説明頂き、ありがとうございます。

投稿日：2025/08/26 08:01　ID：QA-0157191大変参考になった

回答が参考になった 0件

プロフェッショナルからの回答

服部　康一: 服部賃金労務サポートオフィス代表

詳細

お答えいたします

ご利用頂き有難うございます。

ご相談の件ですが、そのような場合も含めまして年末調整で還付される扱いとされます。

その他詳細に関しましては、専門家である税理士にご確認頂ければ幸いです。

投稿日：2025/08/25 19:18　ID：QA-0157170

相談者より

ご回答ありがとうございました。

投稿日：2025/08/26 09:12　ID：QA-0157196大変参考になった

回答が参考になった 0件

回答に記載されている情報は、念のため、各専門機関などでご確認の上、実践してください。
回答通りに実践して損害などを受けた場合も、『日本の人事部』事務局では一切の責任を負いません。
ご自身の責任により判断し、情報をご利用いただけますようお願いいたします。

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