給与支払報告書・総括表の普通徴収/特別徴収について

給与支払報告書・総括表を電子で提出します。
提出先が100ほどあり、その中には非課税基準が100万以下・97万以下・93万以下など混在しています。
利用する電子システムは自動判定できないのですが、やはり提出先にあわせて普通徴収・特別徴収を判定して提出しなければいけないでしょうか。

従業員数も多いため、100万以下は普通徴収・それ以外（退職予定など除く）は特別徴収で提出したいと考えていますが、もし93万以下の市町村が含まれていた場合、特別徴収の義務違反などになってしまうでしょうか。

全員を特別徴収にすることも考えましたが、90～100万くらいのパートが数百名おり、年の途中に退職する方が多いため異動届がたくさん発生してしまうと思いますので避けたいです。

実務的にどうすべきか悩んでいます。
何卒よろしくお願い申し上げます。

投稿日：2026/01/16 09:30　ID：QA-0163174