フレックスタイム制の法定休日労働・代休等について

ご回答申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。

１．フレックスタイム制と法定休日労働の基本
１か月単位のフレックスタイム制であっても、
法定休日（日曜日）における労働はフレックスタイム制の清算対象外
となります。
つまり、
法定休日労働は「その月の総労働時間の過不足調整（清算）」には組み込まれない
原則として、法定休日労働時間分は休日労働として割増賃金（35％以上）を支払う必要がある
というのが労基法上の基本的な考え方です。

２．「代休」と「休日労働」の関係
ここで重要なのが、「代休」は法律上の制度ではなく会社の任意制度である点です。
法定休日に労働させた場合でも、
事前または事後に代休を与えたとしても
→ 法定休日労働そのものは消えない
→ 割増賃金の支払い義務は残ります
したがって、
法定休日労働：割増賃金の支払いが必要
代休：あくまで労働者の休養確保のための措置
という位置づけになります。

３．今回の総務対応の妥当性について
総務からの
「法定休日労働はフレックス適用外であり、代休8時間分の不足が出るため年休で相殺する」
という説明については、考え方として不適切と評価せざるを得ません。
理由は以下のとおりです。
（１） 法定休日労働は「不足時間」ではない
→ フレックスタイム制の清算対象外であるため、「不足」「超過」という概念自体が当てはまりません。
（２） 代休取得により年休を消化させる法的根拠はない
→ 会社都合で命じた法定休日労働の結果として与えた代休について、
　その穴埋めを年次有給休暇で行う義務は労働者にはありません。
（３） 年休は労働者の請求権
→ 年休は労働者が自らの意思で取得するものであり、
　会社が「相殺」を理由に事実上消化を強制することは不適切です。

４．　適切な処理の考え方
今回のようなケースでの適切な対応は、次のいずれかです。
（１） 法定休日労働として割増賃金を支払う（原則）
（２） 割増賃金を支払ったうえで、福利的措置として代休を付与する
（３） 会社の制度として「法定休日労働時の代休付与ルール」を明確化する
いずれの場合も、代休取得＝年休消化を前提とする処理は避けるべきです。

５．結論
フレックスタイム制でも法定休日労働は適用除外であり、割増賃金の支払いが必要
法定休日労働による代休取得を理由に、年休で相殺する考え方は不適切
従業員の不信感は、法的にも一定の合理性がある
今後は、就業規則・フレックスタイム規程・代休の取扱いを整理し、
「法定休日労働時の処理ルール」を明文化することを強くお勧めいたします。
以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日：2026/01/06 10:23　ID：QA-0162719

相談者より

早速のご返答ありがとうございます。
今後の参考とさせていただきます。

投稿日：2026/01/06 13:05　ID：QA-0162743参考になった

回答いたします

ご質問について、回答いたします。

総務方の説明は制度の解釈を誤っています。

フレックスタイム制において法定休日労働は清算期間の枠外で計算されるため、
休日労働により発生した時間は別途割増賃金の支払い対象となります。
その代わりとして平日に代休を取得した場合、その時間を不足分とみなして、
従業員の年次有給休暇で相殺させる運用は、労働者の権利を不当に制限する
不適切な処理と言えます。

本来は就業規則に基づき、代休取得日を労働時間としてカウントするか、
月間の総枠を調整して不利益が生じないようにすべきことです。

会社都合の業務で発生した休日労働に対し、従業員が有給休暇を使用しなければ
ならない現状は、信頼関係を損なうため速やかな見直しが必要でしょう。

投稿日：2026/01/06 10:39　ID：QA-0162726

相談者より

早速のご返答ありがとうございます。
今後の参考とさせていただきます。

投稿日：2026/01/06 13:05　ID：QA-0162745参考になった

対応

「法定休日での労働はフレックスタイム制の適用除外」という認識をどこまで管理者が認識して、休日出勤を命じていたかです。
フレックスはどのような勤務もありではありませんので、本件のように休日出勤をさせるのであれば、命令者は正確な認識が必要です。

こうした背景からも、いきなり有給相殺は乱暴すぎますので、まずは休日出勤手当で割増賃金を払うなど、社員が損をしない形で経費精算が良いのではないでしょうか。

今後のためにも、フレックス制度がどんなものか、適用除外があることなど、社内で周知徹底が必要でしょう。

投稿日：2026/01/06 11:44　ID：QA-0162735

相談者より

早速のご返答ありがとうございます。
今後の参考とさせていただきます。

投稿日：2026/01/06 13:06　ID：QA-0162746参考になった

ご質問の件

フレックスの場合には、
法定休日労働は、総労働時間にカウントせずに別扱いとなります。

だからといって、代休取得できないということではありません。

法定休日労働の賃金を支払ったうえで、
代休を取得するだけです。

会社が不足しいるから年休取得などということが、フレックスとしても、
年休としても問題です。
（お願いベースならかまいませんが）

投稿日：2026/01/06 17:25　ID：QA-0162774

相談者より

早速のご返答ありがとうございます
今後の参考にさせていただきます。

投稿日：2026/01/07 09:36　ID：QA-0162814参考になった

一連の行為

　以下、回答いたします。

（１）本件、使用者側の一連の行為、１）法定休日労働についての業務命令、２）代休申請への了承、３）年次有給休暇の取得依頼、について検討する必要があると考えられます。

（２）まず、３）については、判例に基づけば、「年次有給休暇をどのように利用するかは、使用者の干渉を許さない労働者の自由である」と考えられることから、不適切であると認識されます。

（３）また、この不適切な行為によって、２）の代休申請が抑止されることになると考えられます。

（４）こうしたことから、１）の業務命令は、３）の取得依頼と相まることによって、実質的には、（就業規則で認められている）代休を許容しない「法定休日労働」を命じるものと解することができるのではないかと思われます。この場合、権利の濫用とされる可能性も否定できないものと認識されます。

投稿日：2026/01/06 21:12　ID：QA-0162785

相談者より

早速のご返答ありがとうございます
今後の参考にさせていただきます。

投稿日：2026/01/07 09:36　ID：QA-0162815参考になった

お答えいたします

ご利用頂き有難うございます。

ご相談の件ですが、フレックスタイム制の場合には、日々の勤務時間については自由に決められる一方、清算期間におきましては所定労働時間数の勤務をされる事が求められます。

従いまして、当事案に関しましても、所定労働時間について代休8時間分の不足時間が発生しているという状況であれば、当該時間分について賃金控除（※割増部分については控除無）される扱いになりますので、これを回避する為に年次有給休暇を取得申請される事自体は可能です。

しかしながら、法令上年次有給休暇は労働者本人の希望に基づいて付与される必要がございますので、今回のように会社側から年休処理を一方的に行う事は当然ながら認められません。

すなわち、年休を取得して満額の賃金を受けるか、或いは取得せずに不足分を賃金控除されるかについては、あくまで労働者本人が判断して決める事になります。

投稿日：2026/01/06 22:50　ID：QA-0162792

相談者より

早速のご返答ありがとうございます
今後の参考にさせていただきます。

投稿日：2026/01/07 09:37　ID：QA-0162816参考になった

フレックスタイム制は、始業・終業の時刻のみを労働者に自主決定に委ねる制度であって、休日についてまで自由に選択できる制度ではございません。

したがって、法定休日に労働させた場合は、法定どおり休日労働割増賃金の支払いが必要になります。

年次有給休暇取得で相殺させるとするのは誤った解釈であり、適正ではございません。

投稿日：2026/01/07 08:06　ID：QA-0162800

相談者より

早速のご返答ありがとうございます
今後の参考にさせていただきます。

投稿日：2026/01/07 09:36　ID：QA-0162813参考になった