消費税増税後の交通費支払いについて

医療機関で事務の仕事をしております。
弊社では交通費は公共交通機関の定期代で計算しており、公共交通機関利用者はもとより、徒歩、自転車、マイカーの利用者にも同様に公共交通機関の定期代で支給しております。
昨年10月の消費税増税に伴う公共交通機関の定期代値上げによる交通費の増額については、実際の公共交通機関利用者にのみ個別に文書発行し、改訂後の運賃にて10月から支給しておりますが、その他の職員については「もともと（ガソリン代支給より）多く支払っているから良い」とのことで、変更はしていません。
しかし、昨年10月以降の中途採用者には改定後の金額で支給しており、同区間からの社員同士で金額に差が生じている状況です。
賃金規定には「公共交通機関の定期代で支給する」と記載があるため、複数のマイカー利用社員から支給要件について確認がありました。
通勤方法に関わらず公共交通機関の定期代支給と賃金規定に定めがある場合、今回のような公共交通機関利用者以外の職員への交通費を値上げしないことは違法になるのでしょうか。
実務担当者ではないのですが、上司の判断に疑問を感じており、社員の不利益にならないよう改善できればと思います。
ご意見お待ちしております。

投稿日：2020/01/23 11:49　ID：QA-0089860