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変形労働時間制の残業代精算について

いつも大変お世話になっております。
前回、変形労働時間制における残業の精算についてご教示いただきました。
ご教示いただいた内容を基に、私の理解が誤っていないかご教示いただけると大変ありがたく存じます。

当社の状況としては、
変形労働時間制導入:2026年4月1日(1年単位)
給与期間:毎月21日~翌月20日
給与支給日:毎月月末
週の考え方:日曜始まり~土曜日終わり

2026年3月21日(土)~4/20(月)の期間で残業代を40000円支給(単価2000円×20時間、休日労働なし、4/30支給)したと仮定します。
この場合の精算については、
①3/21~4/20の日ごとに、労働時間数が8時間を超えた時間数を確認
②3/15~3/21、3/22~3/28、3/29~4/4、4/5~4/11、4/12~4/18
 以上の週ごとに週40時間を超えた時間数を確認
 (4/19と4/20は次回給与計算時に確認)
③上記①、②を確認した結果、4月末支給の残業代内訳(20時間)を超過している部分について、5月末支給の給与で支給

・精算についての基本的な考え方は正しいでしょうか?
・4/1から変形労働時間制を導入するため、導入日の週初め(3/29~3/31)は未適用ですが、何か影響が考えれますか?
・ほかに留意事項等があればご教示お願いいたします

投稿日:2026/01/20 11:41 ID:QA-0163357

こんささん
北海道/建築・土木・設計(企業規模 11~30人)

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本Q&Aは法的な助言・診断を行うものではなく、専門家による一般的な情報提供を目的としています。
回答内容の正確性・完全性を保証するものではなく、本情報の利用により生じたいかなる損害についても、『日本の人事部』事務局では一切の責任を負いません。
具体的な事案については、必ずご自身の責任で弁護士・社会保険労務士等の専門家にご相談ください。

プロフェッショナル・人事会員からの回答

全回答2

プロフェッショナルからの回答

井上 久
井上 久
井上久社会保険労務士・行政書士事務所 代表

ご回答申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。
1 精算の基本的な考え方について
結論から申し上げますと、ご理解の方向性は概ね正しいものの、1点重要な補足・整理が必要です。
1年単位の変形労働時間制における時間外労働の判断は、
(1) 1日8時間超
(2) 1週40時間超
のいずれかに該当した時間が対象となります。
そして、これらの判断は、変形労働時間制が適用されている期間に限って行います。

2 ご提示の(1)(2)(3)についての整理
(1) 日ごとの8時間超の確認
→ 考え方として正しいです。
ただし、これは
変形労働時間制が適用されている日(=4/1以降)
について確認します。

(2) 週40時間超の確認
→ こちらも基本的な考え方は正しいですが、注意点があります。
週の考え方(日曜~土曜)で、
4/1以降の期間に属する週
について、その週における実労働時間が40時間を超えたかを確認します。
ご記載の
3/15~3/21
3/22~3/28
は、いずれも変形労働時間制導入前ですので、
→ 通常の法定労働時間制(1日8時間・週40時間)で判断
→ 変形労働時間制の精算対象には含めません。
一方、
3/29~4/4 の週
は「導入日前後をまたぐ週」になるため、後述の注意点が生じます。

(3) 翌月以降への精算繰越
→ 考え方として妥当です。
月末支給時点(4/30)では、
週の確定ができていない
年間総枠との関係で確定できない
部分について、
→ いったん概算で支給
→ 確定後、翌月(5月末)で追加精算
という処理自体は、実務上も合理性があります。

3 4/1導入による「3/29~3/31」の影響
ここが最も重要なポイントです。
(1) 3/29~3/31は変形労働時間制「未適用」
したがって、この期間は
通常の法定労働時間制
(1日8時間・週40時間)
で時間外判定を行います。

(2) 3/29~4/4の週の扱い
この週は、
3/29~3/31:通常労働時間制
4/1~4/4:変形労働時間制
が混在します。
実務上は、
3/29~3/31の労働時間は、通常の週40時間枠で判断
4/1以降は、変形労働時間制に基づく所定労働時間との関係で判断
という切り分け処理が必要になります。
※ この「跨ぎ週」は、計算誤りが最も生じやすい点です。

4 留意事項(実務上重要)
(1) 変形労働時間制は「遡及適用不可」
4/1以前の労働を、後から変形労働時間制で再計算することはできません。

(2) 給与期間と変形期間は別物
給与締日(21日~20日)と、労働時間判定(週・日)は一致しなくて問題ありません。

(3) 精算ルールの社内明確化
・概算支給を行う
・確定後に翌月精算する
という運用は、
就業規則または賃金規程で明示しておくことが望ましいです。

5 まとめ
基本的な精算の考え方は概ね正しい
ただし、変形労働時間制の適用は4/1以降のみ
導入日前後をまたぐ週(3/29~4/4)は特に注意
概算→翌月精算の運用は可。ただし規程整備が望ましい
以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日:2026/01/21 11:01 ID:QA-0163375

相談者より

ご回答ありがとうございました。
いただいたご回答を参考に、慎重に精算をしていきたいと思います。

投稿日:2026/01/21 12:59 ID:QA-0163400大変参考になった

回答が参考になった 0

プロフェッショナルからの回答

米倉 徹雄
米倉 徹雄
KIZASHIリスキリング社会保険労務士法人 代表社員

回答いたします

ご質問について、回答いたします。

精算の基本的な考え方は適切かと存じます。

補足的に、4月1日を境に時間外労働の判定基準が切り替わる点に注意が必要です。
3月31日までは1日8時間超を基準とし、4月1日以降は事前に特定したシフト時間
を超えた分を計上します。

導入日の週は、3月31日までの実労働時間と4月1日以降の計画時間を合算して、
週40時間を判定します。もし、4月1日以降のシフトが1日8時間を超える設定で
あれば、その時間は4月1日から適用される変形労働時間制のルールが優先する
と考えます。

投稿日:2026/01/21 11:38 ID:QA-0163382

相談者より

ご回答ありがとうございました。
いただいたご回答を参考に、慎重に精算をしていきたいと思います。

投稿日:2026/01/21 12:59 ID:QA-0163401大変参考になった

回答が参考になった 0

本Q&Aは法的な助言・診断を行うものではなく、専門家による一般的な情報提供を目的としています。
回答内容の正確性・完全性を保証するものではなく、本情報の利用により生じたいかなる損害についても、『日本の人事部』事務局では一切の責任を負いません。
具体的な事案については、必ずご自身の責任で弁護士・社会保険労務士等の専門家にご相談ください。



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