前年分の年末調整のやり直しと返金について

医療機関の職員で、勤務中に新型コロナウイルスに感染し欠勤した者について労災申請し、休業補償給付を受けました。
欠勤期間中の給与は満額支給しており、労災認定後に休業補償給付分（非課税）を給与システム上でマイナス処理するため、給与の課税支給額が減額となります。雇用保険料および所得税も減額となるため、過徴収となっている差額が返金となります。
しかし令和4年の年末調整までに処理が間に合わなかった職員がおり、給与システムで修正をかけることができないため、手計算で課税支給額等を算出し直す必要があります。過徴収分については現金や振込で本人へ返金する予定なのですが、
雇用保険料…減額となった差額をそのまま返金する。
所得税…減額となった差額をそのまま返金するのではなく、最終的な源泉徴収税額が変わってくるのでその差額を返金する。
というやり方で良いのでしょうか？
源泉徴収票を手書きで作り直しているうちによくわからなくなってしまいました。給与担当歴が浅く調べながら何とかやっていますが、認識が違うようでしたらご教授願います。

投稿日：2023/11/24 20:47　ID：QA-0133116