1ヶ月単位変形労働時間制における超過時間管理について

お世話になっております。
掲題の件、1点疑問に思ったことがあり質問させていただきます。

【質問内容】
変形労働者の超過時間管理には、AとBどちらの項目を使用すればよいか。
A.残業管理、法定休日出勤時間、法外休日出勤時間
B.36協定時間

弊社で使用している勤怠管理システムにおいて、残業時間（早出含む）や法定休日出勤時間、法外休日出勤時間に加え、36協定時間*という集計項目がございます。
こちらの集計に該当するのは、以下3点です。
(1)平日及び法外休日出勤時の法定外残業時間
　→通常勤務日および、法外休出出勤日における、8h超の部分
(2)週40超時間
(3)変形労働者の月間残業時間

*システムの標準機能であり、弊社独自でのカスタマイズ項目ではありません。

変形労働時間制を採用しており、例えば所定時間が10.75h/日の場合ですが、
所定時間通りに勤務した場合、超過時間は0hです。
ただし、36協定時間の項目には2.75h分上乗せされます。（集計内容の(1)に該当）

現在、変形労働時間制対象者も、そうではない社員も、全社員共通で36協定時間を超過時間のアラートに設定しております。
変形労働時間制の対象者は、そのアラートに多数引っ掛かってくることもあり、同様に管理するのが正しいのかと疑問に思った次第です。

初歩的な質問でしたら申し訳ございません。
何卒、ご教示いただけますと幸いです。
宜しくお願いいたします。

投稿日：2022/07/25 14:40　ID：QA-0117514