フレックス制の無給代休取得時の控除について

ご質問の件

フレックスは、代休控除という考え方はありません。

労使協定で定めた、
1ヵ月の総労総時間に対して、1ヵ月何時間働いたのかで判定します。

代休であれば、その日のコアタイム出勤は免除ということになり、
その日の時間をカウントしないだけです。

投稿日：2026/01/27 16:08　ID：QA-0163685

相談者より

ご教示いただきありがとうございます。
あくまで1か月の労働時間で清算の件、大変参考になりました。

投稿日：2026/01/28 11:49　ID：QA-0163711大変参考になった

回答いたします

ご質問について、回答いたします。

フレックスタイム制では、労働時間を清算期間全体で調整する仕組みです。

その為、代休控除という考え方自体がありません。

日ごとの働き過ぎや不足は、別の日の労働時間で自然に調整される制度です。

投稿日：2026/01/27 16:26　ID：QA-0163686

相談者より

内容承知いたしました。
ご教示いただき誠にありがとうございます。

投稿日：2026/02/03 17:52　ID：QA-0163979大変参考になった

ご案内申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。
本件のポイントは、フレックスタイム制における賃金控除の判断基準は「代休を取ったか」ではなく、「当月の総労働時間が清算期間の所定労働時間を下回ったかどうか」にある、という点です。

（１） 無給代休を取得しても月160時間を満たしている場合
ご質問のケースでは、
・フレックス制
・月所定労働時間160時間
・無給代休1日（8時間）取得
・ただし、実労働時間は160時間に到達している
（※代休8時間は労働時間には算入していない）
とのことですので、賃金控除は不要と考えられます。
理由として、フレックスタイム制では
「清算期間内の総労働時間 × 賃金単価」
により賃金を確定させるのが原則であり、
結果として所定労働時間相当分の労務提供がなされていれば、欠勤控除の根拠がありません。
「無給代休」という名称であっても、
・当月の労働時間が所定時間を満たしている
以上、賃金を減額することは二重控除となるおそれがあります。

（２） 代休の発生源が過去（月1～2か月前）の残業である場合
この点についても結論は同じです。
代休が
・当月の時間外労働
・1か月前や2か月前の時間外労働
のいずれを原資としているかにかかわらず、
当月の賃金控除判断は「当月の清算結果のみ」で行うのが原則です。
したがって、
・当月の総労働時間が160時間以上
であれば、代休控除は不要です。
過去の残業と当月の賃金控除を直接リンクさせてしまうと、
フレックスタイム制の「清算」という考え方と整合しなくなります。

（３） 規程との関係（注意点）
ご提示の規程
「基準内賃金 ÷ 所定労働時間 × 代休時間を控除」
は、当月の労働時間が所定労働時間に不足した場合に適用される規定と整理するのが適切です。
実務上は、規程の適用場面を
・清算期間内で所定労働時間未達 → 控除
・所定労働時間達成 → 控除なし
と明確にしておかないと、運用トラブルになりやすいため、
社内Q&Aや補足規定での整理をおすすめします。
まとめ
・（１） 月160時間を満たしていれば控除不要
・（２） 代休の原資が過去残業でも結論は同じ
・控除判断は「当月の清算結果」で行う
以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日：2026/01/27 16:31　ID：QA-0163687

相談者より

お世話になっております。
詳細な解説を含めてご教示いただきありがとうございます。
あくまで当月トータルの労働時間に対する清算の件、大変参考になりました。

別件で伺いたいのですが、(例)月額20万円、代休控除１万円となった者の場合、所得税・雇用保険料は19万円に対して計算するのが正しいでしょうか？

投稿日：2026/01/28 15:07　ID：QA-0163718大変参考になった

お答えいたします

ご利用頂き有難うございます。

ご相談の件ですが、１につきましては、所定労働時間通りに勤務されていますので、単に通常の月給額を支給される扱いで差し支えございません。それ故、賃金控除についても不要になります。控除が発生するのは、代休取得によって実際の当月勤務時間数が当月の所定労働時間より少なくなった場合であって、こうした点に関しましてはフレックス制でも変わりございません。

２につきましても、上記の考え方に基づき同様の扱いになります。

投稿日：2026/01/27 16:55　ID：QA-0163689

相談者より

お世話になっております。
ご教示いただきありがとうございます。
あくまでトータルの労働時間に対する清算の件、大変参考になりました。

別件で伺いたいのですが、(例)月額20万円、代休控除１万円となった者の場合、所得税・雇用保険料は19万円に対して計算するのが正しいでしょうか？

投稿日：2026/01/28 12:00　ID：QA-0163713大変参考になった

追加のご質問にご回答申し上げます。

追加のご質問をいただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。
考え方や規定等につきましては、ご説明申し上げました通りです。
追加のご質問
「(例)月額20万円、代休控除１万円となった者の場合、所得税・雇用保険料は19万円に対して計算するのが正しいでしょうか？」
につきましての最終の判断は、所轄の労働基準監督署が行うものと存じます。
つきましては、本ご質問は、所轄の労働基準監督署の監督官にご確認されることをお勧め申し上げます。よろしくお願いいたします。

投稿日：2026/01/28 15:52　ID：QA-0163720

再度お答えいたします

ご返事下さいまして感謝しております。

別件についてはご認識の通りです。

投稿日：2026/01/28 19:08　ID：QA-0163725

相談者より

内容承知いたしました。
ご教示いただき誠にありがとうございます。

投稿日：2026/02/03 17:52　ID：QA-0163978大変参考になった