フレックスで所定労働時間が法定労働時間を上回る場合の対応

お世話になっております。題記の件でご教示お願いいたします。

フレックスで所定労働時間が法定労働時間を上回る場合、差分の時間外労働手当を支給する必要があるのでしょうか？
フレックスタイム制は労働時間を月単位で精算する制度であるため、支給する必要があるということですが、時間外労働手当を支給する以外の解決策として、
１．フレックスの労使協定に所定労働時間を対象に過不足精算をする、と記載したらよいのでしょうか？
２．フレックスタイム制における法定労働時間の総枠の特例（平成 9.3.31 基発 228 号）については、以下①～④の全てを満たせば適用となる旨です。
以下③のについて、これはどういった意図なのでしょうか？
29日目というのは、１週間✕４週＝28日の翌日と思われますが、5週目だけ労働時間が40時間を超えないこと、というのは単に5週目で時間調整しなさいということなのでしょうか？
そもそも、この特例が適用となる会社に条件があるのでしょうか？

①清算期間を１ヵ月とすること
②清算期間を通じて毎週必ず２日以上休日が付与されていること
③清算期間の29日目を起算日とする１週間の労働時間が40時間を超えないこと
④清算期間における労働日ごとの労働時間が概ね一定であること

年間では法定労働時間のほうが圧倒的に上回りますし、所定労働時間を働いてなぜ時間外手当を支給する必要があるのか、また、労使協定や特例で何とかなるのであれば、そもそもなぜそんな制約があるのかと思えてしまいます。

投稿日：2021/07/15 19:26　ID：QA-0105675