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給与支払報告書・総括表の普通徴収/特別徴収について

給与支払報告書・総括表を電子で提出します。
提出先が100ほどあり、その中には非課税基準が100万以下・97万以下・93万以下など混在しています。
利用する電子システムは自動判定できないのですが、やはり提出先にあわせて普通徴収・特別徴収を判定して提出しなければいけないでしょうか。

従業員数も多いため、100万以下は普通徴収・それ以外（退職予定など除く）は特別徴収で提出したいと考えていますが、もし93万以下の市町村が含まれていた場合、特別徴収の義務違反などになってしまうでしょうか。

全員を特別徴収にすることも考えましたが、90～100万くらいのパートが数百名おり、年の途中に退職する方が多いため異動届がたくさん発生してしまうと思いますので避けたいです。

実務的にどうすべきか悩んでいます。
何卒よろしくお願い申し上げます。

投稿日：2026/01/16 09:30　ID：QA-0163174

労務・法務・安全衛生

papamiさん: 東京都／販売・小売（企業規模 301～500人）

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本Q&Aは法的な助言・診断を行うものではなく、専門家による一般的な情報提供を目的としています。
回答内容の正確性・完全性を保証するものではなく、本情報の利用により生じたいかなる損害についても、『日本の人事部』事務局では一切の責任を負いません。
具体的な事案については、必ずご自身の責任で弁護士・社会保険労務士等の専門家にご相談ください。

プロフェッショナル・人事会員からの回答

全回答2件

プロフェッショナルからの回答

米倉　徹雄: KIZASHIリスキリング社会保険労務士法人　代表社員

詳細

回答いたします

ご質問について、回答いたします。

給与支払報告書の作成や税務上の判断は税理士が専門領域となりますが、
実務上、100万円以下を一律で普通徴収とすると、基準が異なる自治体
から是正を求められるリスクがあります。
最も低い基準である93万円以下を対象とする方が現実的ではないでしょうか。

詳細な運用は顧問税理士や主要な提出先へご相談されることをお勧めします。

投稿日：2026/01/16 10:56　ID：QA-0163188

相談者より

ご回答ありがとうございました。
93万か100万かよく考えて決めようと思います。

投稿日：2026/01/16 11:59　ID：QA-0163209大変参考になった

回答が参考になった 0件

プロフェッショナルからの回答

井上　久: 井上久社会保険労務士・行政書士事務所　代表

詳細

ご回答申し上げます。

ご質問いただきまして、ありがとうございます。
次の通り、ご回答申し上げます。
本件は、給与支払報告書提出時の「普通徴収・特別徴収の区分判断」を、市町村ごとの非課税基準に合わせる必要があるのかという実務上非常に悩ましい問題です。

１．結論（実務対応の方向性）
市町村ごとの非課税基準に合わせて、普通徴収・特別徴収を厳密に切り替える義務はありません。
したがって、ご検討中の
「100万円以下は普通徴収、それ以外は特別徴収」
という一律ルールでの運用は、実務上許容される範囲と考えます。

２．特別徴収義務の考え方
地方税法上、原則は
前年中に給与支払がある者は特別徴収
ですが、実務では
eLTAX等の運用通知により、
少額給与
退職予定者
不定期雇用・短期雇用
などについては、普通徴収を認める取扱いが全国的に定着しています。
重要なのは、
「課税・非課税の判定」と「特別徴収の可否」は別概念
という点です。

３．93万円以下の市町村が含まれる場合のリスク
ご質問の核心ですが、
93万円以下の市町村で、本来非課税だが特別徴収として提出した場合
であっても、特別徴収義務違反にはなりません。
理由は以下のとおりです。
特別徴収は「課税される場合に徴収する制度」
非課税であれば、市町村側で税額0円として処理される
結果として、会社が税金を天引きすることはない
つまり、
「特別徴収にしてはいけない」わけではなく、
「特別徴収する税額が発生しない」だけ
という整理になります。

４．普通徴収にした場合の問題点
逆に、
本来課税対象
継続雇用・安定給与
にもかかわらず、一律に普通徴収としていると、
一部市町村から特別徴収切替の指導が入る可能性はあります。
ただし、
少額給与
退職・異動が多い
事務負担が著しく大きい
といった合理的理由があれば、是正指導にとどまるケースが大半です。

５．実務的におすすめの整理方法
現実的な対応としては、以下が妥当です。
（１）社内基準を明確化
「年収〇〇万円以下は普通徴収」
「短期・退職予定者は普通徴収」

（２）総括表の摘要欄等で
「少額給与・短期雇用のため普通徴収」
と記載（可能な範囲で）

（３）市町村ごとの非課税基準までは追わない

６．まとめ
市町村ごとに非課税基準を合わせる義務はない
93万円以下の市町村で特別徴収としても違反にはならない
事務負担を考慮した一律基準の設定は実務上妥当
重要なのは「合理的な社内ルールがあること」
多数の提出先・従業員を抱える事業所では、完璧さよりも一貫性と説明可能性が重視されます。
ご検討中の運用方針は、実務上十分に合理的と考えます。
以上です。よろしくお願いいたします。

投稿日：2026/01/16 10:57　ID：QA-0163189

相談者より

ご回答ありがとうございました。
100万ではなく念のため93万とするかよく考えてみようと思います。

投稿日：2026/01/16 12:05　ID：QA-0163210大変参考になった

回答が参考になった 0件

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