フレックスタイム制（清算期間３ヵ月）と３６協定の関連について

いつもとても参考にさせていただいております。
来年の改正法施行に関連して、ご質問させて下さい。

弊社では、来年４月からフレックスタイム制の清算期間を
現行の１ヵ月から３ヵ月に改定する予定にしております。

・清算期間：　　３ヵ月
・標準労働時間：８時間
・清算期間の所定労働時間：（清算期間の歴日数 − 所定休日日数）×８時間
・清算期間の所定休日日数：２６〜３１日（時季により異なる）

一方で、３６協定では１ヵ月の延長労働は４５時間までとしており、
特別な事情による延長についても定めています。

そこでご質問なのですが、
清算期間を３ヵ月とした場合、３６協定の適用の仕方は、
次のどちらが正しいのでしょうか。

①清算期間（３ヵ月）に合わせて、
　３ヵ月の延長労働時間を４５×３＝１３５時間とし、
　この１３５時間を超える場合は、特別条項によらなければならない。
　したがって、特別条項を適用できる回数は、実質的に「年２回」となる。

②清算期間にかかわらず、
　３６協定による延長労働は、あくまで１ヵ月単位で適用する。
　したがって、通常の延長労働時間は月４５時間までで、
　それを超える場合は特別条項によらなければならない（「年６回」まで）。

ご教示のほど、どうぞよろしくお願い申し上げます。

投稿日：2018/11/19 14:16　ID：QA-0080516