フレックスタイム制の残業手当の考え方について

先生方各位

いつもお世話になっております。
本日ご相談させていただきたいのはフレックスタイム制の正しい残業手当の考え方についてです。

当社では、スーパーフレックスタイム制を導入しており、残業手当の算出は1カ月の清算期間の中で定められた総労働時間を超えた分と認識しております。
ところが、今回ある社員(スーパーフレックスタイム制適用)の給与計算で、この認識とは違う結果が出まして、改めて正しい考えかたをご教示頂きたくご相談申し上げた次第です。
この社員(Mとします）は、9/1に8：12～12：00勤務し、午後半休を取得しました。同じ週の4日は8：30～17：00標準(所定)労働時間勤務。その以外の平日は9/15まで年次有給休暇を取得し、9/16～30までは病気欠勤しています。ちなみに、9/5から年休消化をし、休職すると申し出ており承認しております。
ここで相談内容になるのですが、9/1の午前勤務分18分間の残業代が計算されてきており、病気欠勤期間は勤務時間に入らないはずで、実働時間が総労働時間を超えませんので、これは時間外に算定されるべきでないと考えています。
ただ、病気欠勤については傷病手当金の請求をする都合上、欠勤控除はしており、これが二重控除に値してしまう？という懸念もあります。
どのように算出するのが、正しい考え方なのでしょうか。

よろしくお願いいたします。

人事マネージャー

投稿日：2020/10/20 12:12　ID：QA-0097650