ICカードにおける交通費・私用と税法上の扱いについて

初めまして。
初めて質問させていただきます。

弊社は、全国でチェーン展開している美容サロンの管理運営会社です。

ギリギリの人員で現場を回しているため、ヘルプ・応援が非常に多く、首都圏や関西圏で就業する従業員の多くが会社ICカードとしてSuicaやPASMOを使用しております。

交通費の計算方法として、
①「自宅～所属店舗～自宅」の経路で発生した交通費を通勤交通費、
②「自宅～応援先店舗～自宅」や「自宅～応援先店舗～所属店舗～自宅」などの巡回、応援等を移動交通費（出張時の旅費等と同じ扱い）として計上しております。

約半数弱ほどの従業員が定期券を買わず、ICカードにて交通費を支払っております。
給与計算の時期は、アプリ上にデータとして落ちてくるIC履歴をもとに交通費の計算を行います。

4/1　入場（新宿）―――退場（東京）
　　 入場（東京）―――退場（新宿）
4/2　入場（新宿）―――退場（東京）
　　 入場（東京）―――退場（新宿）

このようなデータと勤務表、実打刻とを照らし合わせて通勤交通費と旅費とを分けています。
このシステムの欠点として、
従業員が休日や退勤時に私用で使った交通費もデータとして落ちてきてしまい、
照らし合わせを行わないと毎月10万円程、私用分のお金も旅費（移動交通費）として支給されてしまいます。（この私用の金額についてはきちんと精査をしていないためあくまでだいたいです）

この点について、会社としてはデータの照らし合わせに時間を割くよりも10万円前後であれば私用の交通費も払ってしまおうという判断をしております。
この判断というのは税務調査の面や、税法上、なにか問題はないのでしょうか。

加えてもう1点、
弊社のマイカー通勤規定には自宅～店舗が2km離れている場合にのみ自家用車通勤を許可するという規則があります。（ナビタイムで距離をはかり2kmという規定にはなっております。）
弊社の従業員で、自宅～店舗が1.9kmという方がいて、ご本人様は2kmあると言い張っております。
車通勤が認められなければ会社を辞めるといい、結局会社が折れてガソリン代は支給無ですが駐車場料金は払っています。車通勤も認めてしまいました。

この場合に考えられうる会社のリスク等ありますでしょうか。

私自身、人事経験が浅く無知で、うまくお伝えできているか不安ですが、
ぜひ人事や労務のプロの方にお力を貸していただければと思います。

以上、よろしくお願いいたします。

投稿日：2017/04/21 22:53　ID：QA-0070251